조순제 녹취록 다운로드

우리는 김미(베커와 팔슨, 2008)를 사용하여 CHO-S, CHO-K1 및 CHO-DG44용 세포주 별 모델을 생성했습니다. CHO-S에 대한 전사체 및 프로테오믹 데이터가 생성되었으며, 기존 데이터는 CHO-K1 및 CHO-DG44에 사용되었습니다(사용 또는 생성된 데이터에 대한 자세한 내용은 방법 세부 정보 참조). 그들의 FPKM가 1 보다 더 크거나 proteomic 분석에서 발견된 경우에 유전자는 존재로 불렸습니다. 마이크로어레이 데이터의 경우, 정규화된 log2 형질전환 값이 10보다 큰 경우 유전자가 존재로 호출되었습니다. 차단된 반응은 글로벌 모델에서 제거되었고, 알고리즘은 성장, IgG 생산 및 에리스로포이에틴 생산을 최적화하면서 사용되었다. 이러한 모델에 존재하는 반응의 결합은 각각의 경우에 기본 세포주 모델로서 작용했다. 다음 시나리오를 가정해 봅시다: E-P 루프는 10초 동안 형성되고 지속됩니다(그러나 지속 시간은 매우 희박하며, 때로는 1초는 100초). 그들은 휴식 후 곧, Sox2 E와 P떨어져 이동하고 거리가 증가. E-P 루프는 실제 거리가 <50 nm인 경우에도 그림 2C에서 노란색 선과 유사한 광범위한 거리 분포를 표시합니다. E-P 접촉 후, 전사 인자, 히스톤 변형 효소, 중재자, Brd4, p300, TBP, SAGA, TFIID 및 기타 요인이 순차적으로 모집되지만 각각 사이에 지연이 있습니다. 이렇게 하려면 알 수 없는 시간이 걸립니다.

그런 다음 폴 2가 모집됩니다. Pol 2는 잠시 멈춘 다음 전사를 시작합니다. MS2 리포터는 3`이기 때문에, Pol 2 개시와 MS2/MCP 판독 사이에 매우 긴 지연이 있다(저자는 추정된 Pol II 신장 속도 및 Sox2 수정 된 유전자의 길이를 사용하여 개시에서 MS2 모양에 걸리는 예상 시간을 계산해야하며 주요 텍스트에서이 기간을보고해야합니다). 인수의 이익을 위해,이 과정은 평균 7 분 정도 걸리지만, 많은 단계 때문에 각각은 스토커스되어 지속 시간이 광범위하게 분산되고 무거운 꼬리가 3 분에서 15 분까지 걸릴 수 있습니다 (또는 이와 같은 것). 우리는 다음으로 Sox2 궤적과 전사의 3D 조직 사이의 시간적 관계를 탐구했습니다. 이를 위해, 우리는 잘 확립 된 MS2 리포터 시스템을 활용하여 단일 살아있는 ESCs (Bertrand et al., 1998)에서 초기 전사를 직접 시각화했습니다. CRISPR/Cas9 게놈 공학을 사용하여, 우리는 내인성 129 Sox2 알레를 Sox2 유전자의 3` UTR에 삽입된 P2A-puromycin 저항 유전자 융합 및 24MS2 줄기 루프를 포함하는 수정된 버전으로 대체했습니다 (그림 5-그림 보충 1). 우리는 Sox2-8CcuO/+, Sox2-117TtetO/+, Sox2MS2/WT ESC(또는 단순히 Sox2-MS2 ESC)를 생성하기 위해 Sox2-SCR 라벨이 부착된 셀라인에서 이 MS2 리포터 알레일을 생성했습니다.